Genomsequenzierung versus Mutations-PCR

03.02.2021 | Coronavirus

Mittels einer Genomsequenzierung ist es möglich, das komplette Genom des Coronavirus zu entziffern und Mutationen als Abweichungen im genetischen Code des Erregers zu identifizieren. Somit stellt dieses Verfahren ein wichtiges Mittel zur Überwachung der epidemiologischen Gesamtsituation dar. Neben den bereits bekannten Mutationen können mit diesem Verfahren auch neu entstandene Mutationen nachgewiesen werden. So kann man erkennen, wie sich die einzelnen Mutationen in Deutschland verbreitet haben und sich aktuell verbreiten. Der Nachteil der Genomsequenzierung liegt in der Komplexität des Verfahrens und der notwendigen bioinformatischen Auswertung der erzielten Ergebnisse. Dieser Umstand führt dazu, dass die Resultate dem Kliniker bzw. dem Gesundheitsamt erst nach einer Verzögerung von drei bis fünf Tagen zur Verfügung gestellt werden können.

Daher hat sich das Labor Koblenz dazu entschieden, in der Routine-Diagnostik Mutations-PCRs durchzuführen, die sich auf die derzeit wichtigsten Mutationen, die britische, die südafrikanische und die brasilianische Variante, beschränken.

Mit den Reagenzien des Berliner Biotech-Unternehmens TIB Molbiol führen wir bei allen Coronavirus-positiven Erstnachweisen eine Screening-Untersuchung auf die bei allen drei Varianten nach-zuweisende N501Y-Mutation durch. Wird hier ein negatives Ergebnis erzielt, können diese drei Varianten ausgeschlossen werden. Wird die Mutation N501Y nachgewiesen, so folgen zwei weitere PCRs, welche die britische Variante von der südafrikanischen/brasilianischen Variante differenzieren können.

Der große Vorteil dieser Vorgehensweise besteht in dem Zeitgewinn gegenüber der Genomsequenzierung. Durch dieses Procedere werden wir in der Lage sein, unseren Einsendern aus Kliniken, Arztpraxen und Fieberambulanzen sowie den Gesundheitsämtern innerhalb weniger bis max. 24 Stunden sagen zu können, ob eine dieser hochinfektiösen Mutationen vorliegt oder eben nicht.

Wir sind davon überzeugt, dass wir mit dieser diagnostischen Maßnahme dazu am besten beitragen können, eine weitere Verbreitung der hochinfektiösen Varianten zu verhindern.

Freundliche Grüße

Ihr Labor Koblenz